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公司商标注册费用的会计分录通常会被记录在无形资产和长期待摊费用等科目下。具体的会计分录可能会因公司的具体情况和会计政策的不同而有所差异，以下是一种可能的分录方式。

1、当公司支付商标注册费时，会计分录可能如下：

借：无形资产 - 商标权 (或长期待摊费用 - 商标注册费)

贷：银行存款

这里的无形资产 - 商标权（或长期待摊费用 - 商标注册费）代表了公司的商标注册费用，银行存款代表了公司用来支付费用的资金。

2、如果商标权有一定的摊销期限，那么在摊销期内，会计分录可能如下：

借：管理费用 / 销售费用 / 其他相关费用等 (根据具体使用情况确定)

贷：无形资产摊销 (或长期待摊费用摊销)

这里的无形资产摊销（或长期待摊费用摊销）代表了商标权的摊销价值，管理费用 / 销售费用 / 其他相关费用等代表了与商标使用相关的费用。

仅为示例，具体的会计处理方式可能会因公司的实际情况和所采用的会计政策的不同而有所差异，在实际操作中，应咨询专业的会计师或财务团队，以确保准确处理商标注册费用的会计分录。